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O Brasil possui uma grande malha de áreas protegidas, concebida, por meio da Lei do SNUC, para ser gerida como um Sistema, onde as unidades de conservação têm posição de destaque. Entretanto, a fragmentação de ambientes é um dos maiores desafios da gestão ambiental no Brasil, pois, tornam a malha mais próxima de um conjunto do que de um sistema, induzindo a gestão individualizada de cada área protegida.
Nesse sentido, a Trilha Amazônia Atlântica, assim como as demais Trilhas de Longo Curso que compõem a Rede Brasileira de Trilhas têm um papel estratégico como ferramenta de conectividade, contribuindo para o funcionamento sistêmico das unidades de conservação no Brasil.
A Trilha Amazônia Atlântica atualmente conecta 11 áreas protegidas. São 05 unidades de conservação (Reserva Extrativista Marinha Tracuateua, Reserva Extrativista Marinha Caeté-Taperaçu, Reserva Extrativista Marinha Araí-Peroba e Reserva Extrativista Marinha Gurupí-Piriá, a APA da Costa do Urumajó e a APA Belém), além de 05 Territórios Quilombolas (Remanescentes de Quilombolas de Torres, em Tracuateua, Macapazinho, no município de Castanhal e Santíssima Trindade em Santa Izabel do Pará, Torres em Tracuateua e América em Bragança.
Além disso, vale destacar que a Trilha Amazônia Atlântica está conectada à Rota do Guarumã, que se estende por 03 unidades de conservação estaduais na Região Metropolitana de Belém. No caso, o Refúgio de Vida Silvestre Metrópole da Amazônia, a APA Belém e o Parque Estadual do Utinga Camillo Viana.